Kepala Sekolah yang pertama adalah Bapak Hosea Puspowardojo (Hoo Swan Poo) dari tahun 1951 – 1954, yang juga merangkap menjadi Kepala SPG Kristen yang didirikan pada tanggal 1 Januari 1952 di Jl. Sidodadi Timur 23 Semarang. Tak lama kemudian Bapak Hoo Swan Poo digantikan oleh Bapak Oey Keng Gie (Bapak D.G. Budimargono) pada tahun 1954. Sedangkan Bapak Hoo Swan Poo setelah pindah ke SMA Masehi I milik Yayasan PSAK Semarang.
Pergantian Kepala Sekolah terus mewarnai SMP Masehi 2 pada awal berdirinya. Bapak Oey Keng Gie tidak lama memegang jabatan, karena pada tahun 1955 beliau digantikan oleh Bapak Lie Sik Tiong (Bapak A.S. Tjondrowardojo).Selama 16 tahun (1955 - 1971) Bapak Lie Sik Tiong memimpin dan memajukan SMP Masehi 2, sehingga cukup memiliki nama di Kota Semarang.
Sebagai penggantinya diangkatlah Bapak Aryo Wonodirdjo sejak tahun 1971 – 1988. Dalam kepemimpinan Bapak Aryo Wonodirdjo selama 17 tahun, SMP Masehi 2 semakin mencuat namanya lewat prestasi-prestasi dunia olah raga maupun akademik yang diukirnya.Lomba Cerdas Tangkas (LCT) P4, SMP Masehi 2 sempat menjadi juara dan dikirim sebagai duta mewakili kotamadya Semarang dalam acara LCT P-4 di TVRI Yogyakarta. Sedangkan di bidang olah raga, terutama Judo SMP Masehi 2 juga mencatatkan namanya, baik di tingkat nasional maupun intemasional. Sidodadi Judo Camp yang dirintis oleh Bapak Aryo Wonodirdjo sampai sekarang semakin memiliki nama dan disegani oleh banyak kalangan dan oleh karenanya, bapak Aryo Wonodirdjo sempat memperoleh penghargaan sebagai pembina olah raga dari Depdikbud Propinsi Jawa Tengah.
Walaupun SMP Masehi 2 memiliki prestasi-prestasi segudang, perjuangannya tidak lantas berhenti. Segala upaya untuk mempertahankan prestasi yang pernah diraih dan bahkan meningkatkan prestasi untuk ke arah yang lebih baik senantiasa terus diupayakan semaksimal mungkin.
Prestasi dan kelengkapan fasilitas yang dimiliki oleh SMP Masehi 2 ini ternyata cukup mendapat perhatian dari Pemerintah. Sehingga lewat Kantor Wilayah Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Propinsi Jawa Tengah, SMP Masehi 2 dinyatakan statusnya sebagai "DISAMAKAN". Hal mana sesuai dengan surat keputusan No. 359/L03/H/1985 tertanggal 31 Desernber 1985.
Dengan status DISAMAKAN tersebut, berarti kedudukan SMP Masehi 2 disejajarkan dengan SMP-SMP Negeri lainnya Dalam perkembangannya SMP Masehi 2 boleh dikata cukup stabil sejak awal berdirinya sampai tahun tujuh puluhan. Kemudian secara pesat SMP Masehi 2 mengalami berbagai macam kemajuan. Baik dalam jumlah murid maupun peningkatan mutu phisik bangunan sekolah.Bangunan baru berlantai 3, saat ini merupakan kampus yang cukup representatif untuk melangsungkan kegiatan/proses belajar mengajar di SMP Masehi 2. Fasilitas laboratorium fisika, Biologi, perpustakaan, lapangan basket, aula yang cukup luas dan sarana olah raga lain yang cukup komplit sangat memungkinkan sekolah ini mampu meraih dan meningkatkan prestasi-prestasinya.
Pada tahun 1988 jabatan Kepala SMP Masehi 2 dipegang oleh Bapak Bayu Wonodirdjo. dan pada tahun 1990, nama SMP Masehi 2 secara resmi diganti menjadi SMP Kristen 1 YSKI. Prestasi demi prestasi diraih. Pada akreditasi yang dilaksanakan pada tahun 1998, SMP kristen YSKI berhasil menggondol nilai A+ dari Dinas Pendidikan nasional. Prestasi siswa baik akademik maupun non akademik banyak sekali, sampai almari piala yang tadinya diletakkan di kantor Kepala Sekolah, dipindah di samping pintu masuk SMP Kirtsen YSKI.
Pada Tahun 2000, Bapak Bayu Wonodirjo Pensiun, dan Kepala Sekolah diganti oleh Ibu Lydia Haryanto,S.Pd. Beliau memimpin SMP KRISTEN YSKI hingga tahun 2008. Dan saat ini SMP KRISTEN YSKI dipimpin oleh Ibu Endang Sukawati, S.Pd., M.Si.. Prestasi demi prestasi diraih. sangat banyak, bahkan almari piala pun tidak muat karena prestasi prestasi yang diraih siswa maupun guru SMP Kristen YSKI.